Azərbaycan Respublikasının ərazi və daxili sularında Azərbaycan Respublikası dövlət sərhədinin mühafizəsi vəzifələrini yerinə yetirərkən müvafiq icra hakimiyyəti orqanının xarici qeyri-hərbi gəmilər və Azərbaycan Respublikasına məxsus qeyri-hərbi gəmilər barəsində aşağıdakı hüquqları var:
1) milli bayraq qaldırılmadıqda onu göstərməyi gəmiyə təklif etmək; gəminin Azərbaycan Respublikası sularına girməsinin məqsədləri haqqında sorğu aparmaq;
2) gəmi üzmək üçün bağlı rayona üz tutduqda yolu dəyişdirməyi gəmidən tələb etmək;
3) gəmi sorğu siqnallarına cavab vermədikdə, üzmək üçün bağlı rayonda olduqda, Azərbaycan Respublikasının sularına girməyin, bu sularda üzməyin və olmağın başqa qaydalarını pozduqda, habelə Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyini, Azərbaycan Respublikasının dövlətlərarası müqavilələrini və ya hamılıqla qəbul edilmiş beynəlxalq hüquq prinsiplərini və normalarını pozaraq ovla və ya başqa fəaliyyətlə məşğul olduqda gəmini dayandırmaq və yoxlamaq.
Gəminin yoxlanılmasına gəmi və naviqasiya sənədlərinin, heyət üzvlərinin və sərnişinləri sənədlərinin, yüklər üçün sənədlərin, zəruri hallarda isə yüklərin və gəmi otaqlarının yoxlanması daxildir.
Gəmi yoxlandıqdan sonra ona müəyyənləşdirilmiş qaydalara əməl etməklə Azərbaycan Respublikasının sularında üzməyi davam etdirməyə icazə verilə bilər, yaxud Azərbaycan Respublikasının sularını tərk etmək təklif oluna bilər və ya gəmi bu Qanunun 31-ci maddəsinə müvafiq surətdə tutulub saxlana bilər;
4) zəruri hallarda gəmini limana və ya limandan Azərbaycan Respublikasının dövlət sərhədinədək müşayiət etmək üçün gəmidə sərhədçi dəstəsi yerləşdirmək;
5) cinayət törətmiş və Azərbaycan Respublikasının qanunlarına görə cinayət məsuliyyəti daşımalı olan şəxsləri gəmidən düşürmək və tutmaq, Azərbaycan Respublikasının dövlətlərarası müqavilələrində başqa hal nəzərdə tutulmadıqda, həmin şəxsləri təhqiqat və istintaq orqanlarına təhvil vermək.