I. Naxçıvan Muxtar Respublikasının qanunvericilik hakimiyyətini Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi, icra hakimiyyətini Naxçıvan Muxtar Respublikasının Nazirlər Kabineti, məhkəmə hakimiyyətini Naxçıvan Muxtar Respublikasının məhkəmələri həyata keçirir.
II. Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyası və qanunları ilə onun səlahiyyətlərinə aid edilən məsələlərin həllində, Naxçıvan Muxtar Respublikasının Nazirlər Kabineti Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyası, qanunları və Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərmanları ilə onun səlahiyyətlərinə aid edilən məsələlərin həllində, Naxçıvan Muxtar Respublikasının məhkəmələri isə Azərbaycan Respublikası Konstitusiyası və qanunları ilə onların səlahiyyətlərinə aid edilən məsələlərin həllində müstəqildirlər.