Məhkəmə ekspertizası idarəsi rəhbərinin aşağıdakı vəzifələri vardır:
məhkəmə ekspertizasının təyin olunması barədə qərarı (qərardadı) aldıqdan və ya məhkəmə ekspertizasının sifariş edilməsi barədə müqavilə bağlandıqdan sonra həmin idarənin ekspertləri sırasından zəruri biliyə malik olan və qoyulmuş suallara cavab verə bilən konkret ekspertə və ya ekspertlərə ekspertizanın aparılması haqqında tapşırıq vermək;
ekspertə (ekspertlərə) onların hüquq və vəzifələrini izah etmək;
eksperti bilə-bilə yalan rəy verməyə görə məsuliyyət haqqında xəbərdar etmək və bu barədə ekspertizanın təyin edilməsi haqqında qərarda (qərardadda) və ya məhkəmə ekspertizasının sifariş edilməsi barədə müqavilədə ekspertin imzası ilə təsdiq edilən müvafiq qeyd aparmaq;
Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə nəzərdə tutulmuş qaydada məhkəmə ekspertizasının aparılması müddətini müəyyən etmək və onun gözlənilməsinə nəzarət etmək;
aparılan tədqiqatların tamlığı və keyfiyyəti üzərində nəzarəti ekspertin müstəqilliyi prinsipinə əməl olunmaqla təmin etmək;
tədqiqatlar başa çatdırıldıqdan sonra ekspertin rəyini, tədqiqat obyektlərini və iş üzrə materialların məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqana və ya şəxsə göndərilməsini təmin etmək.
Məhkəmə ekspertizası idarəsi rəhbəri Azərbaycan Respublikasının qanun-vericiliyi ilə müəyyən edilmiş digər vəzifələri də həyata keçirir.
Məhkəmə ekspertizası idarəsinin rəhbəri tədqiqat aparılması üçün zəruri olan aşağıdakı şəraiti yaratmağa borcludur:
avadanlıqlar, cihazlar, materiallar və informasiya təminatı vasitələrini əldə etmək;
texniki təhlükəsizlik və istehsalat sanitariyası qaydalarına əməl olunmasını təmin etmək;
təqdim edilmiş tədqiqat obyektlərini və iş üzrə materialların qorunub saxlanmasını təmin etmək.