Ekspertin aşağıdakı hüquqları vardır:
məhkəmə ekspertizasının predmetinə aid olan iş üzrə materiallarla tanış olmaq, onlardan lazımi məlumat götürmək və ya onların surətini çıxarmaq;
rəy verilməsi üçün zəruri olan əlavə tədqiqat obyektlərinin və iş üzrə materialların təqdim olunması barədə vəsatət vermək;
məhkəmə ekspertizasının aparılmasına başqa ekspertlərin cəlb olunması haqqında vəsatət vermək;
qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş qaydada ekspertizanın predmetinə aid və rəy verilməsi üçün zəruri olan istintaq və ya digər prosessual hərəkətlərin aparılmasında iştirak etmək;
məhkəmənin qərardadı (hakimin qərarı) ilə məhkəmə istintaqı mərhələsində işin materiallarının tədqiqində iştirak etmək;
verdiyi rəyin və ya ifadənin proses iştirakçıları tərəfindən düzgün izah edilməməsi və yaxud təhrif edilməsi barədə istintaq hərəkətləri və ya məhkəmə iclasının protokoluna daxil edilməsi üçün məlumat vermək;
qoyulmuş suallardan əlavə, məhkəmə ekspertizasının predmetinə aid olan və iş üçün əhəmiyyətli sayılan digər halları da öz rəyində göstərmək;
məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqan və ya şəxsin hərəkəti ekspertin hüquqlarını pozduqda qanunla müəyyən edilmiş qaydada şikayət etmək.
Ekspert Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş digər hüquqları da həyata keçirə bilər.
Ekspert məhkəmə ekspertizasının aparılmasından aşağıdakı hallarda imtina edir:
məhkəmə ekspertizasının təyin (sifariş) edilməsinin prosessual qaydası pozulduqda və bu, ekspertizanın aparılmasını çətinləşdirdikdə və ya onun aparılmasını qeyri-mümkün etdikdə;
verilən suallar ekspertin zəruri biliyindən kənara çıxdıqda;
tədqiqat obyektləri və iş üzrə materiallar rəy verilməsi üçün yararsız olduqda və ya kifayət qədər olmadıqda və onların tamamlanması barədə ekspertin vəsatəti təmin edilmədikdə;
tədqiqat aparılması və rəy verilməsi üçün zəruri olan şərait, metodik vəsait və avadanlıqlar olmadıqda;
ekspertin həyatı və sağlamlığı üçün real təhlükə mövcud olduqda.
Belə hallarda ekspert bu barədə məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqana və ya şəxsə yazılı formada məlumat verir.
Ekspertə aşağıdakıları etmək qadağandır:
məhkəmə ekspertizası idarəsinin ekspertlərinə həmin idarənin rəhbərindən başqa, hər hansı şəxsdən və ya orqandan məhkəmə ekspertizasının aparılması haqqında tapşırıq almaq;
məhkəmə ekspertizası idarəsinin ekspertlərinə başqa idarənin əməkdaşı qismində, həmçinin özəl ekspert kimi məhkəmə ekspertizası fəaliyyətini həyata keçirmək;
məhkəmə ekspertizasının aparılması ilə bağlı işin gedişatında maraqlı olduğunu güman etməyə əsas verən proses iştirakçıları ilə şəxsi əlaqələr yaratmaq;
məhkəmə ekspertizasını aparmaq üçün müstəqil olaraq material toplamaq;
təhqiqat aparan şəxsin, müstəntiqin və ya prokurorun icazəsi olmadan təhqiqat və ibtidai istintaqın məlumatlarını yaymaq;
dövlət, qulluq, peşə və kommersiya sirri təşkil edən və qanunla qorunan məlumatları, habelə məhkəmə ekspertizasının aparılması ilə əlaqədar ona məlum olan və açıqlanması insan və vətəndaş hüquqlarının və azadlıqlarının pozulmasına səbəb ola bilən məlumatları yaymaq;
məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqanın və ya şəxsin razılığı olmadan tədqiqat obyektini məhv etmək və ya onun xassəsini əhəmiyyətli dərəcədə dəyişdirmək.