Məhkəmə ekspertizası idarəsinin fəaliyyəti dövlət büdcəsinin vəsaiti hesabına maliyyələşdirilir.
Məhkəmə ekspertizasının lazımi səviyyədə aparılmasını təmin etmək məqsədi ilə məhkəmə ekspertizası idarəsinin müasir texnika və avadanlıqlarla təchiz edilməsi üçün dövlət büdcəsindən vəsait ayrılması nəzərdə tutulur.