Məhkəmə ekspertizası aparılarkən ekspert müstəqildir, onun məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqandan və ya şəxsdən, tərəflərdən və işin nəticəsində marağı olan digər şəxslərdən hər hansı asılılığı ola bilməz. Ekspert özünün xüsusi biliyinə və daxili inamına əsaslanaraq aparılmış tədqiqatın nəticələrinə uyğun olaraq rəy verir.
Məhkəmələr (hakimlər), təhqiqat aparan şəxs, müstəntiq, prokuror, habelə digər dövlət orqanları, təşkilatlar və ya ayrı-ayrı şəxslər tərəfindən proses iştirakçılarından hər hansı birinin maraqlarına cavab verən və ya digər şəxslərin xeyrinə olaraq rəy əldə etmək məqsədi ilə ekspertə hər hansı formada təsir göstərilməsi qadağandır.
Ekspertə təsir göstərilməsində təqsirkar olan şəxs Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş qaydada məsuliyyət daşıyır.