Hərbi məhkəmə birinci instansiya məhkəməsi kimi qanunla səlahiyyətlərinə aid edilmiş cinayət işlərinə, inzibati xətalara dair və digər işlərə baxır.
Hərbi məhkəmə məhkəmə statistikasını təhlil edir, məhkəmə fəaliyyətinin təşkili vəziyyətini, məhkəmə təcrübəsini öyrənir və ümumiləşdirir, Azərbaycan Respublikası qanunvericiliyində nəzərdə tutulmuş digər səlahiyyətləri həyata keçirir.