Mübahisələrin həlli üzrə komissiya beş nəfərdən ibarət olmaqla ümumi yığıncaq tərəfindən Birlik üzvlərindən seçilir. Bu komissiya suyun paylanmasına dair mübahisələrə baxır.
Birliyin üzvlərinin və onun xidmət göstərdiyi ərazidə yerləşən torpaqların digər sahiblərinin yazılı şikayətlərinə komissiyanın iclasında mübahisə edən tərəflərin iştirakı ilə 10 gün müddətində baxılmalıdır.
Mübahisələrin həlli üzrə komissiya şikayətin təmin edilməsi və ya şikayətin əsassız olduğunu müəyyən etdiyi halda onun rədd edilməsi haqqında qərar qəbul edir.
Komissiyanın qərarının yerinə yetirilməməsinə görə aşağıdakı məcburiyyət tədbirləri tətbiq edilə bilər:
Birlik tərəfindən göstərilən xidmətlərin dayandırılması;
üzvlükdən xaric edilməsi;
nizamnamə ilə nəzərdə tutulmuş qaydada digər sanksiyaların tətbiq edilməsi.
Mübahisələrin həlli üzrə komissiyanın qərarından ümumi yığıncağa və məhkəməyə şikayət edilə bilər.