Sərhəd mühafizə orqanları haqqında qanunvericilik Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasından, “Azərbaycan Respublikasının dövlət sərhədi haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanunundan, bu Qanundan, Azərbaycan Respublikasının digər qanunvericilik aktlarından və Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələrdən ibarətdir.
Sərhəd mühafizə orqanları öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının qanunvericilik aktlarını, o cümlədən Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin hərbi nizamnamələrini əsas tutur. Bu zaman Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin hərbi nizamnamələrinin qarnizon xidməti üzrə müddəaları və sərhəd mühafizə orqanlarının təyinatı ilə əlaqədar olmayan digər müddəaları tətbiq edilmir (xüsusi təyinatlı təhsil müəssisələrindən başqa).