Su obyektlərinin istifadəsi və mühafizəsi sahəsində idarəetmə aşağıdakı prinsiplərə əsaslanır:
iqtisadiyyatın inkişafı və ətraf mühitin qorunması;
əhalinin keyfiyyətli su ilə təchizatı;
ərazi quruluşu prinsipi ilə hövzə prinsipinin uzlaşdırılması;
su obyektlərinin mühafizəsi üzrə idarəetmə funksiyaları ilə su obyektlərindən istifadə və su təsərrüfatı funksiyalarının ayrılması.