Dövlət sifarişi hesabına həyata keçirilən hidrometeorologiya və təbii mühitin monitorinqi işləri, hidrometeorologiya və ətraf mühitin monitorinqi üzrə Azərbaycan Respublikasının beynəlxalq öhdəliklərindən irəli gələn xərclərin ödənilməsi, habelə hidrometeorologiya fəaliyyətinə dövlət nəzarəti Azərbaycan Respublikasının büdcəsindən maliyyələşdirilir.
Bələdiyyələrin, hüquqi və fiziki şəxslərin sifarişi ilə xüsusi təyinatlı və məqsədli hidrometeoroloji işlər, onların sifarişçiləri tərəfindən maliyyələşdirilir.
Hidrometeorologiya fəaliyyəti hüquqi və fiziki şəxslərin, xarici investisiyanın və beynəlxalq təşkilatların yardımı hesabına da maliyyələşdirilə bilər.
Hidrometeorologiya və təbii mühitin monitorinqi işlərinin elmi tədqiqatı müvafiq elmi müəssisə və təşkilatlar və ali təhsil müəssisələri tərəfindən həyata keçirilir və “Elm haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununa uyğun olaraq maliyyələşdirilir.