Məhkəmə ekspertizası Azərbaycan Respublikasının prosessual qanunvericiliyində nəzərdə tutulmuş hallarda təhqiqatçının, müstəntiqin və ya prokurorun qərarı, yaxud məhkəmənin (hakimin) qərarı (qərardadı) ilə təyin edilir. Təhqiqatçının, müstəntiqin və ya prokurorun qərarı, yaxud məhkəmənin (hakimin) qərarı (qərardadı) ilə təyin edilmiş ekspertiza məhkəmə ekspertizası idarələrinin ekspertləri tərəfindən həyata keçirilir.
Azərbaycan Respublikasının Mülki Prosessual, İnzibati Prosessual və İnzibati Xətalar məcəllələrində nəzərdə tutulmuş hallarda fiziki və ya hüquqi şəxslər, həmin şəxslərin vəkilləri və nümayəndələri (qanuni nümayəndələri) məhkəmə ekspertizasının aparılmasını sifariş vermək üçün məhkəmə ekspertizası idarələrinə və ya özəl məhkəmə ekspertlərinə rəsmi müraciət etmək hüququna malikdir. Bu halda məhkəmə ekspertizası həmin şəxslərlə məhkəmə ekspertizası idarəsinin rəhbəri və ya özəl məhkəmə ekspertləri arasında bağlanan müqavilə əsasında məhkəmə ekspertizasını sifariş edən şəxslərin hesabına həyata keçirilir. Müqavilədə ekspertin bilə-bilə yalan rəy verməyə görə məsuliyyət daşıması barədə məlumatlandırıldığı onun imzası ilə təsdiq edilməlidir.
Azərbaycan Respublikasının Cinayət-Prosessual Məcəlləsinə əsasən cinayət təqibi xüsusi ittiham qaydasında həyata keçirildiyi halda şübhəli, təqsirləndirilən şəxs və ya onların müdafiəçisi, yaxud mülki cavabdeh məhkəmə ekspertizasının aparılmasını məhkəmə ekspertizası idarələrinə sifariş vermək üçün rəsmi müraciət etmək hüququna malikdir.