Məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqan və ya şəxs tədqiqatın aparılması və ekspert rəyinin verilməsi üçün suallar siyahısını, tədqiqat obyektləri və iş üzrə materialları məhkəmə ekspertizası idarəsinə və ya özəl məhkəmə ekspertinə təqdim edir.
Məhkəmə ekspertizasını təyin (sifariş) etmiş orqan və ya şəxs Azərbaycan Respublikasının prosessual qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş qaydada müqayisəli tədqiqat üçün nümunələr götürür və onları işə əlavə edir. Nümunənin götürülməsi məhkəmə ekspertizası fəaliyyətinin bir hissəsidirsə, bu hərəkət məhkəmə ekspertizasını aparan ekspert tərəfindən həyata keçirilir.
Tədqiqat prosesində ekspert tərəfindən eksperimental nümunələr hazırlana bilər və bu hal ekspertin rəyində göstərilməlidir. Ekspertizanı təyin etmiş orqan və ya şəxs bu cür nümunələrin hazırlanmasında iştirak edə bilər və onun bu hərəkəti tərtib etdiyi protokolda əks etdirilir.
Məhkəmə ekspertizasının aparılması müddətləri Azərbaycan Respublikasının Cinayət-Prosessual, Mülki Prosessual və İnzibati Xətalar məcəllələrinə müvafiq olaraq müəyyən edilir.