Məhkəmə ekspertlərinin fəaliyyəti müvafiq icra hakimiyyəti orqanının məhkəmə ekspertizası idarələrində, elmi müəssisə və təşkilatlarda, ali təhsil müəssisələrində, “Uyğunluğun qiymətləndirilməsi sahəsində akkreditasiya haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununa uyğun olaraq akkreditasiyadan keçmiş sınaq laboratoriyalarında, özəl hüquqi şəxslərdə, habelə özəl məhkəmə eksperti tərəfindən ayrıca şəkildə təşkil edilə bilər.
Məhkəmə-tibb, məhkəmə-psixiatriya, məhkəmə-ballistik, məhkəmə partlayış-texniki, pul nişanları və qiymətli kağızların, narkotik vasitələrin, psixotrop maddələrin və onların prekursorlarının, güclü təsir edən və zəhərli maddələrin, dərman vasitələrinin və dərman maddələrinin məhkəmə ekspertizaları yalnız məhkəmə ekspertizası idarələri tərəfindən həyata keçirilir.
Məhkəmə ekspertizası fəaliyyətini həyata keçirən şəxslər və qurumlar məhkəmə ekspertizasının aparılması üzrə fəaliyyətini ekspert təcrübəsinin ümumiləşdirilməsi, ekspertlərin peşəkar hazırlığı və onların ixtisaslaşdırılması, о cümlədən ekspert praktikasının vahid elmi-metodik üsullarla öyrənilməsi əsasında həyata keçirirlər.
Məhkəmə ekspertizası idarələri məhkəmə ekspertlərinə metodik köməklik göstərir.
Məhkəmə ekspertizası idarələrində məhkəmə ekspertizası fəaliyyəti ilə əlaqədar göstərilən xidmətlərə görə ödənilən haqqın məbləği müvafiq icra hakimiyyəti orqanı tərəfindən müəyyən edilir.