Xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərini və obyektlərini idarəetmə sahəsində dövlətin səlahiyyətləri aşağıdakılardır:
dövlət siyasətinin həyata keçirmək və müvafiq normativ hüquqi aktlar qəbul etmək;
dövlət proqramlarını hazırlayıb təsdiq etmək;
dövlət nəzarətini həyata keçirmək;
xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin və obyektlərinin mühafizəsi üzrə tədbirlərə dövlət yardımı;
beynəlxalq əhəmiyyətli xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərini və obyektlərini müəyyən etmək;
respublika və ya bölgə əhəmiyyətli xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin təşkili və ləğv edilməsi barədə qərar vermək;
xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin inkişafı və yerləşdirilməsi sxemlərini təsdiq etmək;
xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin və obyektlərinin dövlət qeydiyyatının və kadastrının aparılması qaydalarını müəyyən etmək;
beynəlxalq əməkdaşlığı həyata keçirmək;
Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə müəyyən edilmiş digər səlahiyyətləri həyata keçirmək.