Dini qurumlar aşağıdakı hallarda ləğv edilə bilər:
1) təsisçilərin və ya nizamnamə ilə buna vəkil edilmiş orqanın qərarı ilə;
2) müvafiq icra hakimiyyəti orqanının müraciəti əsasında məhkəmənin qərarı ilə.
Bu Qanunun 1-ci maddəsinin üçüncü hissəsi nəzərə alınmaqla, dini qurum məhkəmə qaydasında aşağıdakı əsaslarla ləğv edilə bilər:
1) dini qurum tərəfindən onun yaranma məqsədlərinə zidd olan fəaliyyətin həyata keçirilməsi;
2) dini etiqadın və dini həyat tərzinin zor tətbiq etməklə və ya zor tətbiq ediləcəyi ilə hədələməklə, habelə irqi, milli, dini, sosial ədavət və ya düşmənçilik yaratmaq məqsədi ilə təbliğ edilməsi, dini etiqadı ifadə etməyə (nümayiş etdirməyə), dini mərasimləri yerinə yetirməyə və ya dini mərasimlərdə iştirak etməyə məcbur etmə, insan ləyaqətini alçaldan və ya insanpərvərlik prinsiplərinə zidd olan dinin (dini cərəyanın) yayılması və təbliğ edilməsi;
3) ictimai təhlükəsizliyin və ya ictimai qaydanın pozulması;
3-1) dini ekstremist fəaliyyətlə məşğul olma;
4) terrorçuluğa, terrorçuluğun maliyyələşdirilməsinə, təxribata və ya zorakı cinayət əməllərinə yönəlmiş hərəkətlərin edilməsi;
5) dünyəvi təhsil alınmasına mane olma;
6) dini qurumun üzvlərinin və digər şəxslərin dini qurumun xeyrinə öz əmlakından imtina edilməsinə təhrik və ya məcbur etmə;
7) zor tətbiq etməklə və ya digər qanunsuz əməllərlə şəxsin dini qurumdan çıxmasına mane olma;
8) şəxsləri qanunla müəyyən edilmiş vəzifələrin icrasından imtina edilməsinə və digər qanunsuz hərəkətlərin edilməsinə təhrik etmə;
8-1) dini qurumun fəaliyyətində aşkar olunmuş qanun pozuntusunun aradan qaldırılmasına dair müvafiq icra hakimiyyəti orqanının müəyyən etdiyi orqanın (qurumun) yazılı tələbində qoyulmuş müddətdə qanun pozuntusunun aradan qaldırılmaması;
9) dövlət qeydiyyatına alınması üçün tələb olunan məlumatlarda və ya sənədlərdə edilmiş dəyişikliklər barədə məlumatın müvafiq icra hakimiyyəti orqanına təqdim edilməsinə dair həmin orqanın bir il ərzində iki yazılı tələbinə əməl olunmaması.
Dini mərkəz və idarələr dini icmalar barədə bu maddənin ikinci hissəsində nəzərdə tutulmuş məlumatlara malik olduqda, həmin dini icmaların təsisçilərinin tərkibinin dəyişdirilməsinin və ya icmanın ləğvinin zəruriliyi barədə müvafiq icra hakimiyyəti orqanının qarşısında vəsatət qaldırırlar.
Dini ekstremist fəaliyyətlə məşğul olan dini qurumların fəaliyyəti qadağan edilir.
Dini qurum ləğv edildikdə, ləğv edilmiş dini qurumun əmlak məsələlərinin Azərbaycan Respublikasının Mülki Məcəlləsində nəzərdə tutulmuş qaydada həll olunması barədə məlumatlar (sənədlər) “Hüquqi şəxslərin dövlət qeydiyyatı və dövlət reyestri haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanununa uyğun olaraq hüquqi şəxslərin dövlət reyestrinə daxil edilmək üçün müvafiq icra hakimiyyəti orqanının müəyyən etdiyi orqana (quruma) təqdim edilir.